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单细胞基因组测序包括分离得到单细胞，全基因组扩增（WGA），构建测序文库，然后采用NGS法测序。最常用的单细胞测序方法是多重置换扩增法（MDA），该法广泛应用于微生物遗传学，生态学及传染病学。 该方法是鉴定微生物特性，基因组的方法。癌症测序也是一种新兴的DNA测序的应用。可对新鲜或冰冻的肿瘤进行SCNAs, SNVs 检测，并且采用全基因组DNAS方法进行重排。
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