分子标记是基于基因组DNA存在极其丰富的多态性而发展的一类可以直接反映生物个体间DNA水平上差异的新型的遗传标记方法。该技术可应用于：司法鉴定、分子遗传图谱构建、基因定位（QTL）与克隆、遗传多样性研究、种质资源研究(品种、品质鉴定)、比较基因组研究等。与以往的形态标记相比，分子标记具有如下优势：

1.        数量多，高多态性，信息量大

2.        与生长发育无关，取材不受限制

3.        能明确辨别等位基因

4.        均匀分布于整个基因组

5.        选择中性，不影响目标性状的表达

6.        检测手段简单、快速

7.        成本低廉

8.        稳定，重复性好

9.        共显性遗传

分子标记分为：基于全基因序列的分子标记（RFLP, restriction fragment length polymorphism）、基于简单重复序列的分子标记（SSR, simple sequence repeat，又称微卫星DNA）、基于已知的特定序列的分子标记（STS, sequence tagged site）、基于反转录转座子的分子标记、基于单核苷酸多态性的分子标记（SNP, single nucleotide polymorphism）。

RFLP即限制性片段长度多态性，是由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA区段发生突变引起的。因此能作为某一DNA的特有“指纹”，其在DNA分子水平上直接反应了生物遗传特性。其原理为：限制性内切酶消化获得的DNA片段大小的变异。但要进行RFLP首先要分离单拷贝基因组的DNA或cDNA克隆，才能进行多态性分析，通过southern杂交技术才能检测到。虽具有共显性、信息完整、重复性、稳定性好的优点，但操作复杂，费时费力。

实验流程为：

1.        DNA提取

2.        酶切反应

3.        电泳

4.        转移

5.        自显影

SSR标记分析基本原理：SSR具有高度保守型和专一性，可以使其特异地定位于染色体的某一位置，然后用与两侧保守的DNA序列互补的方式设计出特定的寡核苷酸引物对基因组DNA进行PCR扩增，将扩增产物进行电泳分离，从而检测出了DNA的多态性，即检测出了不同个体在每个微卫星座位上遗传结构的差别。SSR分析的基本原理：利用某一SSR两翼区特定的DNA序列，来设计位点专一的一对引物，在PCR仪上扩增单个SSR位点，通过电泳，进行SSLP分析，在此基础上进行相应的遗传分析。

微卫星标记具有DNA用量少，反应速度快，操作简易，重复性好的特点。其应用于特定基因定位、群体遗传结构的分析、物种的进化和系统发生、微卫星DNA图谱的构建。

SSR标记分析流程为：

1.        获得引物

2.        PCR扩增

3.        电泳

4.        数据处理

SNP作为一种新型的分子标记在理论研究和实际应用上均具有极大的潜力，被认为是应用前景最好的遗传标记。SNP是指基因组上同一位点不同等位基因之间的单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。具有数量多、分布广泛、稳定性好、检测快速、可进行自动化检测等优点，另外，SNP不再以DNA片段长短作为检测手段，而是直接以序列的变异为标记，同时摒弃了经典凝胶电泳分子，取而代之的是最新的DNA芯片技术。