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薄切片可提高颜料、探针和抗体的可及性，且和降低不同细胞层空间叠加造成的影响。对于光学显微镜，石蜡是最常用的硬质切割材料。切片后，石蜡组织切片可有多种用途，如免疫组织化学染色，和用以研究基因表达、蛋白表达，DNA突变等研究的原位杂交实验。
制作流程很简单：由于石蜡不溶于水，组织的主要成分，样本需要进行通过梯度乙醇来脱水，而后浸入到二甲苯来去除乙醇。最后融化的石蜡浸入样本以取代二甲苯。
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